L'ISQ a analysé les impacts du remplacement du questionnaire obligatoire pour 20 % des ménages canadiens par une nouvelle enquête facultative s'adressant au tiers des familles. L'ISQ craint d'abord une diminution des taux de réponse qui se traduirait par une perte de fiabilité des statistiques produites. De plus, certaines statistiques produites à la suite des recensements passés, souvent nécessaires pour la recherche et la prise de décision des acteurs de la société québécoise, pourraient ne plus être publiées.
Une perte de comparabilité pourrait également être observée à l'égard des statistiques relatives aux caractéristiques de la population obtenues au fil des ans. Le patrimoine statistique développé depuis de nombreuses années pourrait ainsi être affecté significativement. Cela risquerait d'entraîner des inconvénients majeurs lors de l'élaboration, du suivi et de l'évaluation de plusieurs programmes et autres interventions de nature publique ou privée.
Enfin, il pourrait être difficile pour Statistique Canada d'assurer la cohérence des statistiques produites à la suite de la nouvelle enquête facultative avec celles produites à l'aide du questionnaire court du recensement de 2011 (obligatoire pour l'ensemble des ménages canadiens). Le système statistique canadien pourrait alors contenir des informations non concordantes provenant de différentes sources. De nombreux organismes et institutions s'opposent à cette décision d'Ottawa, dont la Conférence des recteurs et des principaux des universités du Québec, les urbanistes canadiens, le monde municipal, etc.